Montevideo City Torque fue fundado el 27 de diciembre del año 2007 con el nombre de Club Atlético Torque, por el señor Raúl Aquino, en la ciudad de Montevideo, Uruguay.
El 6 de abril de 2017 se confirmó la adquisición por parte del City Football Group. De esta manera, Torque se suma al Manchester City, New York City, Melbourne City, Sichuan Jiuniu, Mumbai City, Yokohama Marinos y Girona F.C., clubes que también son propiedad del grupo.
Comenzó su participación en los campeonatos de la Asociación Uruguaya de Fútbol en la temporada 2008-2009, ingresando directamente a la Segunda División Amateur. En dicha división cursó cuatro temporadas, en donde en la última consiguió el ansiado ascenso a la Segunda División Profesional.
La fecha quedó marcada, siendo el 25 de Julio de 2012, día en que el Club Atlético Torque logró convertirse en profesional logrando el título de Campeón de la Segunda División Amateur.
En la temporada 2012 Torque estuvo a punto de realizar historia y ser el primer equipo en ascender a Primera División después de una sola temporada en Segunda. Empató 0:0 el primer partido frente a Miramar Misiones, y ganaba 1:0 la revancha hasta el empate de Miramar en el minuto 88´. Finalmente, en definición por tiros penales, el ascenso correspondió para los de Villa Dolores.
El debut profesional en Segunda División fue el 13 de octubre del año 2012 y el 15 de noviembre de 2017, el club logró el ascenso a la Primera División Profesional. El 3 de febrero del 2018 Torque jugó su primer partido en Primera División, nada más ni nada menos que contra Nacional en el mítico Estadio Centenario y el 10 de Junio de 2018 jugó su primera final en Primera División Profesional, coincidiendo mismo rival y escenario que en el debut.
En 2019, Torque disputó la Segunda División Profesional, en la cual logró quedarse con el título y ascender nuevamente a Primera división. En enero de 2020, la institución llevó adelante una transformación en su nombre y escudo, pasándose a llamar Montevideo City Torque, presentando un nuevo escudo con una estética y estilo más cercanos al de sus hermanos del City Football Group.